| 01.08.2025 | 1. kolo | FC Sparta Brno 3-4 FK Maraton Pelhřimov | 89' | | | | |
| 09.08.2025 | 2. kolo | FK Maraton Pelhřimov 2-1 FC Havlíčkův Brod | 90' | | | | |
| 17.08.2025 | 3. kolo | FC ŽĎAS Žďár nad Sázavou 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 18' | | | | |
| 31.08.2025 | 5. kolo | SK Tatran Ždírec nad Doubravou 4-2 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 07.09.2025 | 6. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-2 SK Artis Brno B | 90' | | | | |
| 13.09.2025 | 7. kolo | AFC Humpolec 0-1 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 21.09.2025 | 8. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-5 FC Velká Bíteš | 90' | | | | |
| 05.10.2025 | 10. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-0 1. SC Znojmo FK | 90' |  | | | |
| 11.10.2025 | 11. kolo | SK Fotbalová škola Třebíč 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 19.10.2025 | 12. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-1 FC Kuřim | 90' | | | | |
| 26.10.2025 | 13. kolo | TJ Dálnice Speřice 1-0 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 29.10.2025 | 9. kolo | TJ Tatran Bohunice 1-0 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 02.11.2025 | 14. kolo | FK Maraton Pelhřimov 5-2 FC Chotěboř | 90' | | | | |
| 08.11.2025 | 15. kolo | TJ Sokol Tasovice 2-4 FK Maraton Pelhřimov | 90' | | | | |
| 14.03.2026 | 17. kolo | FC Havlíčkův Brod 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 19' | | | | |
| 22.03.2026 | 18. kolo | FK Maraton Pelhřimov 2-1 FC ŽĎAS Žďár nad Sázavou | 4' | | | | |
| 29.03.2026 | 19. kolo | FC Velké Meziříčí 2-2 FK Maraton Pelhřimov | 6' | | | | |
| 03.04.2026 | 20. kolo | FK Maraton Pelhřimov 3-3 SK Tatran Ždírec nad Doubravou | 11' | | | | |
| 12.04.2026 | 21. kolo | SK Artis Brno B 3-1 FK Maraton Pelhřimov | 68' | | | |  |
| 19.04.2026 | 22. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-1 AFC Humpolec | 90' | | | | |
