| 01.08.2025 | 1. kolo | FC Sparta Brno 3-4 FK Maraton Pelhřimov | 12' | | | | |
| 09.08.2025 | 2. kolo | FK Maraton Pelhřimov 2-1 FC Havlíčkův Brod | 25' | | | |  |
| 17.08.2025 | 3. kolo | FC ŽĎAS Žďár nad Sázavou 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 45' | | | | |
| 24.08.2025 | 4. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-3 FC Velké Meziříčí | 75' | | | | |
| 31.08.2025 | 5. kolo | SK Tatran Ždírec nad Doubravou 4-2 FK Maraton Pelhřimov | 62' | | | | |
| 07.09.2025 | 6. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-2 SK Artis Brno B | 90' |  | | | |
| 13.09.2025 | 7. kolo | AFC Humpolec 0-1 FK Maraton Pelhřimov | 69' | | | | |
| 21.09.2025 | 8. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-5 FC Velká Bíteš | 90' | | | | |
| 05.10.2025 | 10. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-0 1. SC Znojmo FK | 20' | | | | |
| 11.10.2025 | 11. kolo | SK Fotbalová škola Třebíč 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 11' | | | | |
| 19.10.2025 | 12. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-1 FC Kuřim | 72' | | | | |
| 26.10.2025 | 13. kolo | TJ Dálnice Speřice 1-0 FK Maraton Pelhřimov | 45' | | | | |
| 29.10.2025 | 9. kolo | TJ Tatran Bohunice 1-0 FK Maraton Pelhřimov | 65' | | | | |
| 02.11.2025 | 14. kolo | FK Maraton Pelhřimov 5-2 FC Chotěboř | 18' | | | | |
| 08.03.2026 | 16. kolo | FK Maraton Pelhřimov 3-1 FC Sparta Brno | 9' | | | | |
| 14.03.2026 | 17. kolo | FC Havlíčkův Brod 1-1 FK Maraton Pelhřimov | 19' | | | | |
| 22.03.2026 | 18. kolo | FK Maraton Pelhřimov 2-1 FC ŽĎAS Žďár nad Sázavou | 13' | | | | |
| 29.03.2026 | 19. kolo | FC Velké Meziříčí 2-2 FK Maraton Pelhřimov | 18' | | | | |
| 03.04.2026 | 20. kolo | FK Maraton Pelhřimov 3-3 SK Tatran Ždírec nad Doubravou | 22' | | | | |
| 19.04.2026 | 22. kolo | FK Maraton Pelhřimov 1-1 AFC Humpolec | 20' | | | | |
| 01.05.2026 | 24. kolo | FK Maraton Pelhřimov 0-1 TJ Tatran Bohunice | 63' | | | | |
| 10.05.2026 | 25. kolo | 1. SC Znojmo FK 4-0 FK Maraton Pelhřimov | 29' | | | | |
| 17.05.2026 | 26. kolo | FK Maraton Pelhřimov 5-2 SK Fotbalová škola Třebíč | 79' | | | | |
| 23.05.2026 | 27. kolo | FC Kuřim 8-1 FK Maraton Pelhřimov | 45' | | | | |
| 31.05.2026 | 28. kolo | FK Maraton Pelhřimov 3-0 TJ Dálnice Speřice | 81' | | | | |
| 06.06.2026 | 29. kolo | FC Chotěboř 1-2 FK Maraton Pelhřimov | 45' | | | | |
